Научные исследования в Молотовском мединституте в годы войны – один из факторов, усиливающий значение области в обеспечении помощи фронту. Наличие трех вузов, имевших самое прямое отношение к медицине: медицинский, стоматологический и фармацевтический институты, институт эпидемиологии и микробиологии, высококвалифицированные кадры, обладавшие значительным научным опытом, дополненный потенциалом эвакуированных ученых из западных областей страны, все это превращало уральскую территорию не только в оборонный промышленный центр, но и в мощную научную базу. Особенно выделялся своей научной эффективностью медицинский институт.

С самого начала войны пересматриваются планы научно-исследовательских работ в сторону оборонной тематики, где главными направлениями становятся: научное обеспечение и уровень медицинской помощи раненым и больным воинам в эвакогоспиталях, создание новых методов специализированного лечения (хирургического, терапевтического, неврологического, стоматологического и др.), разработка новых лекарственных препаратов и форм, обеспечение фронтовых и тыловых районов профилактическими препаратами и противоэпидемическими средствами. Так решением Ученого совета мединститута из 92 научных тем, запланированных на 1942 г. 72 имели ценное оборонное значение.

Новым словом в организации научных медицинских исследований явилось создание творческих коллективов из представителей различных институтов. Ярким примером может служить совместная работа ученых кафедры микробиологии мединститута (профессор А.В. Пшеничнов, доцент Б.И. Райхер) и коллектива института эпидемиологии и микробиологии (директор А.М. Глебова, научный руководитель института Е.И. Карнаухова), результатом которой стало создание и начало производства нового препарата против сыпного тифа, который по рекомендации Наркомздрава стали активно применять на фронте и в тылу. В ходе полевых испытаний была окончательно доказана высокая эффективность вакцины Пшеничного-Райхера, заболеваемость среди привитых снизилась почти в 15 раз. Затем производство было организовано в нескольких институтах СССР. Для изучения новой методики лабораторию А.В. Пшеничного в 1943-1944 гг. посетили 40 научных сотрудников из Москвы, Свердловска, Омска, Уфы. За это изобретение А.В. Пшеничнов и Б.И. Райхер получили в январе 1946 г. Сталинскую премию 3-й степени. Исследование сыпного тифа было успешно продолжено и после войны.

Среди медицинских институтов по организации научно-исследовательской работы первое место неизменно занимал медицинский институт. За военный период здесь выполнено 300 научных работ, по результатам исследований защищено 8 докторских и 38 кандидатских диссертаций.